À ce point du parcours, on entre dans l'ère de l'émancipation, dont la Révolution française a marqué le début. Non plus thématique mais davantage historique, ce panorama du judaïsme français au XIXe siècle s'appuie sur les moments essentiels de l'intégration dans la société moderne. Ce thème se prolonge par la présentation d'oeuvres à thème juif (Moritz Oppenheim) et de scènes de genre d'artistes français et européens (Alphonse Lévy, Edouard Brandon, Edouard Moyse pour la France, Samuel Hirszenberg et Mauricy Gottlieb, pour la Pologne), posant ainsi le premier jalon d'une réflexion sur la possibilité d'un art juif autre que liturgique ou traditionnel.

Cette section comprend un fonds d'archives considérable, donné par les petits-enfants du capitaine Dreyfus. Il est composé de plus de trois mille documents : manuscrits, lettres, photographies, souvenirs familiaux, pièces officielles, livres, cartes postales, affiches, etc.